بالرغم من فوائد البروتينات الهامة للجسم وبالأخص لكمال الأجسام إلا أنه من الممكن أن يسبب بعض الآثار الجانبية أيضًا على الإنسان، حيث إنه له بعض الآثار الجانبية والتي من أهمها:
1- الشعور بالإجهاد والتوتر والإرهاق بشكل مستمر، ويميل الكثير من الأشخاص لكثرة النوم.
2- أيضًا كثرة كمية البروتين في الجسم قد تجعل الجسم عرضة للإصابة بالكثير من الأمراض المختلفة والتي من أهمها أمراض القلب والشرايين.
3- قد يحدث للأشخاص الذين يكثرون من تناول البروتينات بعد الاضطرابات في الجهاز الهضمي وقد يحدث مع البعض حالات من الإسهال المتكرر.
4- من أضرار الإفراط في تناول البروتينات أنه يسبب بعض المشاكل للكلى ويمكن أن يحدث حصوات على الكلى، وهذا الأمر الذي يتسبب في الإصابة بالعديد من الأمراض الأخرى.
5- من الممكن أن يتسبب البروتين في حالة علو نسبته إلى الإصابة بارتفاع ضغط الدم بشكل ملحوظ ومتكرر، وهذا النوع الذي ينتشر بين الكثير من الأشخاص الذين يسعون لبناء العضلات.
6- من أخطر أضرار البروتين هو أنه يسبب زيادة ملحوظة في الجسم وفي جميع مناطقه وهذا ما يجعل الشخص عرضة للإصابة بالعديد من الأمراض.